Город расположен у подножия Альп, на берегу Дуная, в 60 км от границы со Словакией. Через Вену протекает Дунай и река Вена. Исторически город развивался южнее Дуная, однако за последние два столетия, город рос по обе стороны реки. Географически выгодное положение делает Вену очень удобным местом для развития разносторонних отношений с восточными странами. Это стало особенно ощутимо после 1989 г., когда «упал» так называемый железный занавес. Например от столицы Словакии Братиславы Вену отделяют всего 60 км — это самое короткое расстояние между двумя столицами во всей Европе (исключая Ватикан и Рим).
В Вене субальпийский климат, на его формирование существенное влияние оказывает соседство с горами. Зима: средняя температура воздуха −1,5 °C, изредка бывают морозы от −12 до −18°, часты снегопады. Лето: средняя температура воздуха около +20° С. Атмосферные осадки: 700—2000 мм в год.